Nació en el cantón La Fuente, jurisdicción de Tonacatepeque, el 16 de diciembre de 1742, como primogénito del enlace matrimonial de Isabel de Bustamante y Nava (1716-7.febrero.1800) y del capitán Manuel Aguilar y de León (1710-1772), primo hermano del presbítero y doctor José Matías Delgado.
Además de los otros dos futuros sacerdotes y próceres independentistas, Vicente y Manuel, este matrimonio también fue el origen de Ana Petrona y Mónica, quienes años más tarde contrajeron respectivas nupcias con Domingo Antonio de Lara y Mongrovejo y Francisco Durán. Ana Petrona falleció en noviembre de 1784 y su esposo la siguió a la eternidad en enero de 1797. Su gesta libertadora fue continuada entonces por sus hijos Mariano Antonio (¿Cuscatancingo?, febrero de 1774-¿Olocuilta?, 13.agosto.1843), Antonia Inés (¿?-marzo.1844. En 1800 contrajo matrimonio con el coronel, alférez real, corregidor y alcalde vicentino Rafael de Molina y Cañas) y Domingo Antonio.
La residencia de la familia Aguilar y de Bustamante se localizaba en la esquina sureste de la Plaza de Armas de San Salvador (hoy Parque Libertad), donde después fueron construidos, en forma sucesiva, el Palacio del Ejecutivo (llamado Casa Blanca, 1866) y los cines Popular y Libertad.
El 11 de febrero de 1755, Nicolás ingresó como estudiante en el afamado colegio de San Francisco de Borja (Antigua Guatemala). Recibidas las órdenes respectivas como capellán (15 de marzo de 1767) y presbítero (4 de abril de 1767), fue nombrado cura de Olocuilta (16 de abril de 1767) y luego de San Salvador (Iglesia Parroquial o del Sagrario), puesto logrado tras intenso concurso con otros presbíteros.
Aunque de avanzada edad, tomó parte activa en la gesta libertaria del 5 de noviembre de 1811. Fracasado el movimiento emancipador, Nicolás fue sometido a riguroso y humillante espionaje por parte de las autoridades españolas.
Luego del segundo intento insurreccional de enero de 1814, se le redobló la vigilancia. A él y a su hermano Vicente, que ya para esos momentos se encontraba ciego, se les confinó en su hacienda familiar Toma de agua (Quezaltepeque), a partir del 2 de abril de 1814.
Por decreto del arzobispo guatemalteco, a Nicolás se le suspendió en sus labores como cura y se le remitió prisionero a Guatemala, encarcelamiento que duró de junio a agosto de 1814. De vuelta en su encierro domiciliar, trabajó junto a su hermano para obtener jurídicamente por su libertad, la cual les fue concedida por indulto en febrero de 1818.
Aunque no hay datos históricos fehacientes, se supone que Nicolás Aguilar falleció en su hacienda de reclusión, el 12 de septiembre de 1818, y que fue enterrado en una fosa abierta en el interior de la última Iglesia Parroquial de San Salvador (hoy Iglesia del Rosario).
Como homenaje a él y a sus hermanos próceres, un errado decreto legislativo del 23 de junio de 1932 ordenó que los cantones La Toma, Las Tunas, Santa Lucía, Pishishapa, Piñalitos, Los Mangos, La Florida y El Llano fueran segregados del pueblo de El Paisnal, al norte del departamento de San Salvador, y que con ellos fuera fundado el pueblo de Aguilares, que después llegó a ser villa (30 de septiembre de 1946) y ciudad (25 de diciembre de 1971).