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Nació en el barrio Santa Lucía de la ciudad de Zacatecoluca, el 18 de febrero de 1767, como tercer vástago del acaudalado hogar de Pablo de Cañas y Lucía de Villacorta y Barahona, quienes
también procrearon a otros hijos e hijas, como Pablo, Rafael (4 de agosto de 1762), Francisco Ignacio (1 de abril de 1764), María Ignacia (¿mayo de 1765?), Mariana Marcelina (25 de abril de 1768), María Lucía (17 de septiembre de 1773), María incolaza (23 de
mayo de 1778) y Manuel María (2 de marzo de 1780).
Por el bien y educación de sus descendientes varones, la familia Cañas y Villacorta se trasladó a vivir a la hoy ciudad de Antigua Guatemala, donde el joven José Simeón se interesó por las humanidades y el sacerdocio. Ingresó a la Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo, de la que se bachilleró en Filosofía (2 de abril de 1787) y Teología (25 de febrero de 1791) y obtuvo su licenciatura (16 de junio de 1795) y los símbolos correspondientes al doctorado en Sacra Teología (17 de octubre de 1795). Tras someterse a los exámenes de rigor y al proceso de graduación, el 5 de julio de 1796 presentó su tesis doctoral.
En su vertiginosa carrera por el camino sacerdotal, desarrollada en el Colegio Seminario, Tridentino o de la Ascensión de Nuestra Señora, entre el 3 y el 24 de octubre de 1790 fue ordenado como subdiácono, diácono y presbítero.
Del 18 de agosto de 1791 al 6 de junio de 1792 se desempeñó como catedrático de Artes en su Alma Mater, donde también ganó por oposición el puesto como profesor titular de Prima Filosofía, en el que fungió desde junio de 1792 hasta el 12 de julio de 1800.
En la parte administrativa, fue electo vicerrector del Colegio Seminario o Tridentino (17 de agosto de 1793 al 17 de enero de 1794). Además, los votos de sus colegas le otorgaron los sucesivos cargos de primer consiliario o vicerrector (6 de noviembre de 1800 al 10 de noviembre de 1802) y rector de la Universidad de San Carlos (noviembre de 1802 a noviembre de 1803 y los mismos meses de 1811 a 1812).
Diputado Provincial por Sonsonate (17 de julio de 1813), fue miembro de la Junta Consultiva Provincial, reunida en la ciudad de Nueva Guatemala, a partir del 13 de julio de 1820. Electo diputado por Chimaltenango y Zacatecoluca para el Congreso Constituyente de las Provincias Unidas del Centro de América (Nueva Guatemala, 24 de junio de 1823), hizo realidad sus sentimientos humanistas y cristianos cuando, en la última sesión anual de este cuerpo colegiado, efectuada en la capital guatemalteca el 31 de diciembre de 1823, solicitó la liberación de los esclavos que aún quedaban en los Estados centroamericanos, recién emancipados de los yugos español y mexicano.
En 1824 viajó de Guatemala a San Salvador, para apoyar el Congreso Constituyente de este Estado en el nombramiento civil del presbítero y doctor José Matías Delgado como primer Obispo salvadoreño, lo que desató una fuerte oposición de las autoridades guatemaltecas y vaticanas, ante las que el doctor Cañas emitió dos folletos titulados "Advertencias patrióticas" (San Salvador, 5 y 28 de octubre de 1824) y sostuvo un crudo debate epistolar con el arzobispo Ramón Casaus y Torres.
Firmante de la primera Constitución Federal centroamericana (22 de noviembre de 1824), hacia 1826 se trasladó a residir a la ciudad de San Vicente de Austria y Lorenzana, donde fue testigo de la insurrección nonualca de Anastasio Aquino (1833), del nombramiento de la ciudad como capital salvadoreña (1834) y de la peste del cólera morbus (1837-1838), cuya infección contrajo. Complicado el mal con un derrame cerebral, el desenlace fatal ocurrió en la mañana del 4 de marzo de 1838.
Sus restos mortales fueron depositados en una catacumba del interior de la vicentina Iglesia del Pilar, templo católico colonial que fue dañado por los terremotos del 13 de enero y 13 de febrero de 2001.
A lo largo del siglo XX, su vida y su obra humanista merecieron varios libros, escritos por el doctor Ramón López Jiménez y el historiador Jorge Lardé y Larín.
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