Nació en la ciudad de San Salvador, el 24 de febrero de 1767, en el seno matrimonial del caballero panameño Pedro Delgado y la dama guatemalteca María Ana de León, hogar en el que también vinieron a la vida los independentistas Juan y Miguel.
Obtuvo las borlas doctorales en Cánones, Sacra Teología y Jurisprudencia en la Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo, en la hoy ciudad de Antigua Guatemala, en cuyo Seminario Tridentino, Seminario o de la Ascensión de Nuestra Señora cursó la carrera sacerdotal y dio curso a los trámites para convertirse en abogado de la Real Audiencia.
Al regresar a San Salvador, a partir del 12 de agosto de 1797 inició sus funciones como cura rector, vicario provincial, juez eclesiástico y último comisario local del Tribunal del Santo Oficio. Desarrolló una intensa labor pastoral y en 1808 inició los trabajos de reconstrucción de la antigua Iglesia Parroquial de San Salvador (hoy Iglesia del Rosario), los cuales fueron concluidos una década más tarde.
Dirigió junto con Manuel José Arce y otros patriotas criollos el movimiento insurreccional del 5 de noviembre de 1811, fecha en que la leyenda ha perpetuado que fue él el que tocó, a rebato, las campanas de la Iglesia de La Merced.
En 1813, fue electo diputado provincial con sede en la ciudad de Nueva Guatemala, donde se desempeñaba como rector del Colegio Seminario o Tridentino y se encontraba retenido por orden arzobispal, por lo que no tuvo participación en el intento emancipador de enero de 1814.
Electo de nuevo como diputado provincial en 1820, el 15 de septiembre de 1821 fue uno de los firmantes del Acta de Independencia.
El 28 de noviembre de 1821 se convirtió en jefe político civil de la provincia de San Salvador. Desde este cargo, el 11 de enero de 1822 encabezó la protesta de la ciudad contra la anexión al imperio mexicano del brigadier Agustín de Iturbide y Aramburu.
Como respuesta, San Salvador fue atacada por tropas de San Miguel y de México, entre abril de 1822 y el 9 de febrero de 1823. Estas acciones pusieron fin al gobierno local encabezado por Delgado, quien había hecho importantes movimientos diplomáticos internacionales durante esa gesta de defensa. Dos de los más importantes fueron solicitar una tregua al brigadier Vicente Filísola y enviar una delegación hacia Washington D. C., con el fin de solicitar la incorporación de la provincia a loa Estados Unidos de Norte América.
Caído el Imperio del Septentrión, el presbítero y doctor Delgado fue electo como uno de los representantes nacionales ante el primer Congreso Constituyente de las Provincias Unidas del Centro de América, cónclave que se reunió en la ciudad de Guatemala a partir del 24 de junio de 1823, bajo la presidencia del prócer y sacerdote salvadoreño.
Reunió los fondos populares con los que se compró en Guatemala la primera imprenta oficial salvadoreña, en la cual se imprimió el “Semanario político-mercantil de San Salvador”, primigenio periódico salvadoreño, aparecido el 31 de julio de 1824.
Testimonios de sus contemporáneos lo retratan como un apersona de carácter inquieto y alegre, poseedor de fácil palabra y fogosa oratoria, acreditado patriotismo, austero en sus costumbres, astuto, ambicioso, impávido, firme y justo en sus decisiones o resoluciones.
Gracias a las cartas, manifiestos, arengas, sermones y otros documentos políticos que de él se conservan, es posible concluir que su estilo, aunque no era pulido y revisado –quizá por las circunstancias-, sí era sobrio, claro y sencillo.
Enredado en una acre y feroz polémica con el Arzobispo de Guatemala y las autoridades vaticanas, a causa de haber sido nombrado Obispo de San Salvador por las autoridades locales civiles (5 de mayo de 1824), el prócer vio agravarse su salud hasta que le sobrevino la muerte, ocurrida en la capital salvadoreña, a las 20:30 horas del 12 de noviembre de 1832.
Al día siguiente, su sepelio se constituyó en una verdadera manifestación popular de dolor, en la que las flores blancas y los masivos llantos acompañaron a su níveo féretro desde la Plaza Mayor (ahora Plaza Libertad) hasta su sepultura, abierta al pie del altar mayor de la Iglesia Parroquial capitalina. Como dato curioso, una lluvia de estrellas fugaces cubrió el cielo esa misma noche.
El 22 de enero de 1833, la Asamblea Nacional le confirió el título de Benemérito de la Patria y ordenó que un retrato suyo, pintado al óleo, fuera colocado en su salón de sesiones. Copiada y litografiada en Nueva York, en 1878, por A. Demarest, de esa pintura proceden las imágenes actuales de este sacerdote prócer.
En diciembre de 1878, el abogado, educador y periodista salvadoreño Rafael Reyes publicó el primer estudio biográfico del Dr. Delgado, al que siguieron los de otros intelectuales centroamericanos, como Francisco Gavidia, Carlos Meléndez Chaverri, Ramón López Jiménez, Rodolfo Barón Castro, José Salvador Guandique, Jorge Lardé y Larín y otros más.
A esos homenajes bibliográficos se suman un busto en mármol instalado en la Avenida Independencia (1902), una estatua donada por las colonias alemana, austríaca y suiza residentes en el país (14 de septiembre de 1913. Fue colocada al sur del Parque Arce o Plazuela de San José. El terremoto del 10 de octubre de 1986 la echó por tierra y la partió en varios pedazos), la designación de la población resultante de la fusión de Aculhuaca, Paleca y San Sebastián Texincal (declarada villa el 23 de octubre de 1935 y ciudad a partir del 17 de septiembre de 1968) y la nominación de una universidad privada (cuya fundación fue anunciada el 15 de septiembre de 1977), una calle y una escuela capitalinas.