Nació en la ciudad de San Salvador, el 26 de junio de 1750, como uno de los hijos menores de Isabel de Bustamante y Nava (1716-7.febrero.1800) y del capitán Manuel Aguilar y de León (1710-1772), primo hermano del presbítero y doctor José Matías Delgado.
Además de los otros dos futuros sacerdotes y próceres independentistas, Nicolás y Vicente, este matrimonio también fue el origen de Ana Petrona y Mónica, quienes años más tarde contrajeron respectivas nupcias con Domingo Antonio de Lara y Mongrovejo y Francisco Durán. Su hermana Ana Petrona falleció en noviembre de 1784 y su esposo la siguió a la eternidad en enero de 1797. Su gesta libertadora fue continuada entonces por sus hijos Mariano Antonio (¿Cuscatancingo?, febrero de 1774-¿Olocuilta?, 13.agosto.1843), Antonia Inés (¿?-marzo.1844. En 1800 contrajo matrimonio con el coronel, alférez real, corregidor y alcalde vicentino Rafael de Molina y Cañas) y Domingo Antonio.
La residencia de la familia Aguilar y de Bustamante se localizaba en la esquina sureste de la Plaza de Armas de San Salvador (hoy Parque Libertad). Tras la muerte de Manuel y en cumplimiento de su testamento, la casa fue traspasada a su primo, el presbítero Juan José de Arce. Después, pasó a manos fiscales y estatales, por lo que en su predio fueron construidos, en forma sucesiva, el Palacio del Ejecutivo (llamado Casa Blanca, 1866) y los cines Popular y Libertad.
En 1761, ingresó como estudiante en el afamado colegio de San Francisco de Borja (Antigua Guatemala).en 1761 y se bachilleró en Filosofía el 17 de febrero de 1772. Recibió su tonsura y las órdenes menores del Colegio Tridentino en la iglesia del convento de Capuchinas. El 13 de marzo de 1776 recibió los grados de exorcitado y acolitado, para después obtener el subdiaconado (20 de septiembre de 1776), diaconado (sábado 4 de abril de 1778, en la iglesia del convento de la Concepción) y presbiteriado (13 de junio de 1778, con ceremonia en la iglesia del convento de Santa Catalina). Después fungiría como encargado del curato de Zacatecoluca.
Se desempeñó durante años como catedrático de Filosofía y Cánones en el Seminario Tridentino de Antigua Guatemala. Aquejado por grave enfermedad en septiembre de 1788, al mes siguiente retornó a San Salvador y acompañó a su sobrino Mariano Antonio de Lara en la rectoría de la Parroquia de Santa Lucía Zacatecoluca (1790-1801). Después, ejerció el curato en esta población desde junio de 1803 hasta mediados de 1808, cuando fue nombrado rector de su antiguo colegio guatemalteco. En 1809, fue designado capellán del convento de las Carmelitas.
Aunque de avanzadas edades, con sus hermanos tomó parte activa en la gesta libertaria del 5 de noviembre de 1811. Fracasado el movimiento emancipador, fue encarcelado desde octubre de 1811 hasta el 4 de marzo de 1813. Luego del segundo intento insurreccional de enero de 1814, escapó de San Salvador en la noche del 2 de marzo y una semana más tarde, al llegar a la antigua ciudad capital de la Capitanía General, se le ordenó reconcentrarse y fue reducido a prisión en el hospital de San Pedro y en el Colegio de Cristo.
Pasó sus últimos años en la ciudad de Antigua Guatemala, en la casa de María Antonia Córdoba de Brito, una amiga de sus hermanas. Ante los oficios del escribano José Inocente Calderón de la Barca firmó su testamento el 6 de febrero de 1819 y lo enmendó y renovó el 4 de marzo del mismo año. Falleció a las trece horas del sábado 25 de mayo de 1819 y fue sepultado en la tarde del día siguiente, en una ahora olvidada tumba de la Parroquia de San Sebastián.
Como homenaje a él y a sus hermanos próceres, un errado decreto legislativo del 23 de junio de 1932 ordenó que los cantones La Toma, Las Tunas, Santa Lucía, Pishishapa, Piñalitos, Los Mangos, La Florida y El Llano fueran segregados del pueblo de El Paisnal, al norte del departamento de San Salvador, y que con ellos fuera fundado el pueblo de Aguilares, que después llegó a ser villa (30 de septiembre de 1946) y ciudad (25 de diciembre de 1971).