Nació en San Salvador, el 8 de mayo de 1775, en el hogar de José María Castro y Elena de Lara y Mongrovejo, quien estaba emparentada con la noble casa paterna del independentista Domingo Antonio de Lara y Aguilar.
Realizó sus estudios sacerdotales en la ciudad de Guatemala. Tomó parte en los movimientos independentistas de noviembre de 1811 y enero de 1814, mientras fungía como cura de la zona de los Texacuangos, cargo del cual fue separado el 2 de agosto de 1814. La orden emitida por el arzobispo guatemalteco Casaus y Torres también estipulaba su marcha hacia la capital de la Capitanía General, donde fue encarcelado por rebeldía contra la corona y procesado durante varios años.
Indultado y puesto en libertad, regresó a El Salvador y ocupó la Parroquia de Santa Lucía Zacatecoluca, donde, a fines de septiembre de 1821, recibió una correspondencia secreta que le dio la pauta para proclamar la Independencia junto con las autoridades civiles y militares del lugar.
El 28 de noviembre de 1821 fue nombrado por el presbítero José Matías Delgado como miembro de la Junta Constitutiva de Gobierno de la provincia de San Salvador, puesto en el que fue ratificado el 11 de enero siguiente, pero que le fue imposible ejercer, debido a los momentos críticos que generó la anexión forzosa al Imperio Mexicano y la posterior invasión militar del brigadier Vicente Filísola.
Electo diputado constituyente por Zacatecoluca, ocupó dicho cargo del 5 de marzo al 23 de noviembre de 1824, período en el cual participó en la discusión, redacción y promulgación de la primera Constitución Política de El Salvador.
En junio de 1824, una imprenta de mano, comprada en Guatemala mediante colecta popular hecha entre la población sansalvadoreña, fue instalada en la casa de Manuel Herrera -predio que corresponde a la 2ª. avenida sur y 8ª calle oriente, frente al otrora teatro y cine Apolo, donde hasta hace unas décadas funcionó la Confederación de Obreros de El Salvador-. Los primeros impresores y tipógrafos fueron el metapaneco Manuel Inocente Pérez y el capitalino Samuel Aguilar, quienes aprendieron el oficio de Gutenberg en el taller guatemalteco de Manuel José Arévalo.
El 31 de julio de 1824, de esa primera Imprenta del Gobierno surgieron las páginas del primer periódico salvadoreño, Semanario político-mercantil de San Salvador, cuya dirección editorial le fue confiada al presbítero Miguel José de Castro y Lara. Esta publicación sabatina contenía entre cuatro y ocho páginas, impresas a dos columnas de 7.5 por 25 cms cada una, aunque las medidas generales del periódico eran de 21 por 30 cms, con numeración correlativa de tomo, número de ejemplar y folios.
Mientras ejercía sus labores periodísticas, fue electo secretario y presidente temporal del Congreso salvadoreño de 1826, ocasión en la que, el 21 de octubre de 1826, entregó un informe legislativo acerca de la crítica situación política del país, redactado y suscrito junto con Juan Manuel Rodríguez y Ramón Meléndez.
Después, se desempeñó como jefe de sección del Ministerio General y consejero de Estado, cargo desde el que demostró una férrea oposición al gobierno federal centroamericano, presidido por Manuel José Arce.
Falleció en la capital salvadoreña, el 26 de abril de 1829.