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Nació en una hacienda cercana a la ciudad de San Vicente, en una fecha indeterminada entre 1778 y 1783, en el hogar de Mariano Antonio Calderón de la Barca y Teodora de San Martín.
Con estudios primarios y secundarios realizados en territorios salvadoreño y guatemalteco, ingresó al Seminario Tridentino y a la Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo, en la ciudad de Guatemala. El 9 de octubre de 1803 fue ordenado como presbítero por el Arzobispo Monseñor Luis Peñalver y Cárdenas y poco después se doctoró en Derecho Civil y Canónico.
Reconocido por sus altas capacidades intelectuales, religiosas, legales y humanas, rechazó un alto puesto que le fue ofrecido en el Obispado guatemalteco, así como la Mitra que le ofreció la Corte madrileña, en agradecimiento por su defensa local del imperio español durante la invasión de las tropas napoleónicas.
Coadjutor del párroco de Metapán durante algún tiempo, en junio de 1810 pasó a Zacatecoluca como cura beneficiado, cargo que obtuvo por oposición frente a otros candidatos, que buscaban sustituir al también presbítero y prócer independentista Mariano Antonio de Lara y Aguilar. Estimulado por los sucesos emancipadores de noviembre de 1811, se adhirió al ritmo de los tiempos y predicó entre sus feligreses a favor de la libertad, a lo que le dio continuidad en los años venideros.
Devoto de la Virgen de Dolores y de San Bernardo, el 13 de julio de 1820 fue nombrado cura colado de la zona de los Texacuangos, plaza religiosa en la que laboró, con algunas interrupciones, desde septiembre de ese año hasta el día de su muerte.
Al año siguiente fue electo, por el partido electoral de Chiquimula, como integrante de la Diputación Provincial del Reino de Guatemala, en cuyo carácter fue la suya la tercera firma que se estampó en el Acta de Independencia del 15 de septiembre de ese año. Después, se convirtió en integrante del primer gobierno de la Centro América independiente, presidido por Gabino Gaínza.
Tras suscribir el acta de anexión de las provincias ístmicas al Imperio Mexicano del Septentrión (5 de enero de 1822), retornó a las labores sacerdotales en su parroquia, aunque investido ya con el nombramiento pontificio de Protonotario Apostólico.
Durante la invasión mexicana a San Salvador, abrió las puertas de su parroquia a los refugiados y perseguidos por las fuerzas del brigadier Vicente Filísola, a los que suministró techo y asistencia completa de alimentos y medicinas.
Tras la caída del sueño imperial del brigadier mexicano Agustín de Iturbide, en 1823 llegó de nuevo a ciudad de Guatemala, en su carácter de representante electo por Chalatenango para el primer Congreso Nacional de las antiguas provincias españolas, entidad política que declaró la independencia absoluta de las Provincias Unidas del Centro de América de España, México o cualquier otra potencia del mundo.
Del 14 de marzo al 17 de abril de 1824 se desempeñó como presidente temporal del primer Congreso Constituyente de El Salvador, al que llegó electo como diputado por San Salvador. Pocos meses más tarde, ese cuerpo colegiado promulgó la primera Carta Magna del país, redactada por el doctor Pedro Molina y el licenciado José Damián Villacorta.
Opuesto al nombramiento civil de José Matías Delgado como primer Obispo de San Salvador, el presbítero Calderón volvió a ocupar su parroquia y falleció en Santiago Texacuangos, el 9 de abril de 1826. Su muerte se encuentra asentada en los libros municipales del lugar, en cuya iglesia fueron sepultados sus restos mortales, tal y como lo señala una placa instalada en la fachada de la misma por la Academia Salvadoreña de la Historia.
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