Nació en Ahuachapán, El Salvador, el 8 de octubre de 1925. Casado con Concha Marina Granados de Magaña, con quien ha procreado 6 hijos: María Elena Magaña de Castrillo, Alvaro Alfredo, José Mario, Ernesto Federico ,todos de apellido Magaña, María Teresa Magaña de Gilbert y Ana Marina Magaña de Ortega.

Sus estudios de Doctorado en Jurisprudencia y Ciencias Sociales , los realizó en La Facultad de Derecho de la Universidad de El Salvador.
Es Master en Economía de la Universidad de Chicago, Chicago, Illinois, U.S.A y tiene un Post-Grado en Economía y Finanzas de Universidad degli Studi de Roma, Italia.

Los cargos principales que el Dr. Magaña ha desempeñado son:
Subsecretario de Hacienda , 1960-1961, Director Adjunto del Departamento de Asuntos Económicos de la Unión Panamericana (OEA) 1961-1965, Director Ejecutivo del programa conjunto de tributación OEA/BID/CEPAL, 1961 - 1965; Presidente del Banco Hipotecario de El Salvador , 1965-1982; Director del Banco Central de Reserva de El Salvador, 1976-1982; Asesor de la Junta Monetaria y Miembro del Comité Económico a Nivel Ministerial, 1972-1977 y 1980-1982. Desempeñó el cargo de Presidente de la República del 2° de Mayo de 1982 al 1° de junio de 1984.

Luego de dejar el cargo, hasta la actualidad el Dr. Magaña se dedica a la investigación y publicación de libros y artículos sobre temas de Derecho Constitucional, Derecho Tributario y temas afines. Entre sus publicaciones podemos citar: "Derecho Constitucional Tributario: El Principio de Legalidad". 1993, "Derecho Constitucional Presupuestario Salvadoreño". 1996, "Consideraciones sobre la Constitución Salvadoreña". 1996, "Derechos Fundamentales y Constitución". 1997, "La Constitucionalización del Principio de Reserva de Ley Tributaria en El Salvador". 1997. Y artículos sobre Economía Agrícola, Finanzas Públicas, Derecho Tributario y Derecho Constitucional en revistas especializadas de El Salvador, Estados Unidos, Argentina, España e Italia. Además fungía como presidente del Banco Hipotecario de El Salvador.

Fallece en un centro asistencial capitalino, un 10 de julio de 2001 a causa de un agravamiento en su deteriorada salud, cumpliría 76 años el próximo 8 de octubre.