Nació en Nacaome, Honduras el 29 de marzo de 1811 y murió del Colera Morbus, camino de Chalatenango cuando se le conducía a esa ciudad el 12 de agosto de 1857. Fueron sus padres: Coronel Joaquín de San Martín y Doña Joaquina Fugón ambos hondureños.

El 30 de enero de 1852 fue Gobernante de un día para llenar una fórmula. El 15 de febrero de 1854 recibió el mando Supremo de Don Vicente Gómez.
En Julio de 1854 el Presidente San Martín decreta estableciendo la Universidad Nacional y Colegio de la Asunción, en la ciudad de San Vicente, señalando el 10 de agosto para la apertura de clases.

Agosto 8, 1854 Fundación de la ciudad de Nueva San Salvador. Agosto 9 de 1854, Acta de Municipalidad de San Salvador pidiendo la traslación de la ciudad de San Salvador al llano de Santa Tecla. Firma el acta: Borja Bustamante, Gobernador; Francisco Escolán, Alcalde primero; Antonio Liévano, Alcalde segundo; Regidores: Ambrosio Mendez, Tomás Palomo, Francisco Garay, Rafael Serrano, Irineo Ticas, Síndico Anastasio y Ángel Paredes.

El 26 de septiembre de 1854 el Presidente Coronel José María San Martín depositó el mando supremo en el vicepresidente, General Mariano Hernandez. El 29 de noviembre de 1854 muere en la Hacienda Amayo a los 84 años de edad el Coronel Joaquín San Martín, padre del Presidente José María San Martín.

El 26 de Febrero de 1885, el Presidente San Martín decreta declarando vigentes las leyes de la recopilación formuladas por el presbítero Isidro Menéndez en los 10 libros de que se compone.
El 1° de febrero de 1856 el Presidente San Martín deposita el Mando Supremo en el Senador Licenciado Francisco Dueñas por haber terminado su periodo. Del 2 de agosto al 8 de octubre de 1856 sirvió al país el Coronel San Martín como Ministro de Hacienda y Guerra.
En 1857 fue elegido senador, siendo también ese año Presidente de su Cámara y Designado a la Presidencia de la República.

También el Presidente Don Rafael Campo lo nombró el 23 de marzo del mismo año Comandante General del Ejército; importante cargo que desempeño pocos meses.

Las tropas que regresaron de Nicaragua, en 1857 se había librado la guerra contra los filibusteros venían contagiados con la peste del Cólera Morbus, refugióse en su hacienda San Cristóbal, al norte del departamento de San Salvador. Allí le alcanzo la fatalidad, muriendo dos de sus hijas víctimas de esta epidemia, abatido y contagiado por esta peste falleció camino a Chalatenango el 12 de agosto de 1857.