La detención de Ramiro Ávalos Vargas, Tomás Zárpate Castillo, Guillermo Alfredo Benavides Moreno y Ángel Pérez Vásquez se concretó en los domicilios de cada uno, en San Salvador.
Esto ocurrió luego que el juez de la Audiencia Nacional de España, Eloy Velasco, reiteró en diciembre de 2015 las órdenes de captura que habían sido emitidas originalmente en mayo de 2011, y por lo que había una difusión roja de la Policía Internacional (INTERPOL).
Contra ellos había una solicitud de extradición por parte de España, la cual fue negada el 16 de agosto de 2016 de manera unánime por los 15 magistrados del pleno de la Corte Suprema de Justicia (CSJ) de El Salvador.
Los magistrados tomaron esta decisión considerando que no podía existir un doble juzgamiento, pues los militares ya habían sido procesados en El Salvador. Sin embargo, la justicia española cree que se trató de un “juicio simulado” porque se protegió a los actores intelectuales de la masacre.
Diez días después de la resolución de la CSJ, tres de los militares capturados quedaron en libertad. El coronel Guillermo Benavides fue el único que continuó detenido y el Juzgado Cuarto de Instrucción lo puso a disposición de la Dirección General de Centros Penales para que cumpliera la condena de 30 años de prisión por su participación en la masacre.
Esta pena contra Benavides había sido anulada por la Ley de Amnistía de 1993, pero ese beneficio quedó sin efecto cuando esta última fue declarada inconstitucional.
Por otra parte, una corte estadounidense sí avaló extraditar a España al coronel Inocente Orlando Montano, uno de los 17 señalados en la masacre y quien migró a suelo norteamericano hace años. La defensa de este apeló a una corte federal para que el fallo de extradición sea anulado.