El fiscal del caso indicó que la investigación en contra del exfuncionario también incluye el delito de lavado de dinero. Fue el 7 de diciembre de 2015 cuando la cámara resolvió abrir el proceso por un incremento patrimonial no justificado de $608,387.28.
La pericia contable indicó que Flores y su familia gastaron $641,449.84, de los cuales $354,202.59 no fueron justificados con las pruebas de descargo. Además, Flores recibió de forma ilícita $287,247 en concepto de sueldos, bonos y viáticos. Flores y su esposa no podrán ejercer cargos públicos durante 10 años.