Tras estas declaraciones de impago, los alcaldes iniciaron una serie de protestas y paralización de calles principales del país, exigiendo el desembolso para poder seguir operando. Sobre la segunda quincena de octubre, el Gobierno de El Salvador (GOES) anunció la cancelación de dicho beneficio, sin embargo, ésta no se realizó, lo que desató nuevas protestas por parte de los alcaldes del interior del país. El GOES arremetió contra el partido opositor, acusándolo de ser el que estaba bloqueando todo tipo de negociaciones para poder solventar la falta de liquidez que atravesaba el Estado.
El problema del impago del FODES se mantuvo por los siguientes meses, llevando a Milagro Navas, presidenta de la Corporación de Municipalidades de la República de El Salvador (COMURES), a convocar a diversas reuniones con los alcaldes de los 262 municipios del país, las cuales comenzaron a concluir en una demanda contra el ministro de Haciencia, Carlos Cáceres, por malversación de fondos, asegurando que, el haber utilizado el FODES para otros egresos del Estados, es una definición concreta de impago y la causa principal de la situación precaria de varias alcaldías.
Finalmente, el gobierno emitió el pago del FODES el pasado 23 de diciembre, depositándolo en la cuenta del Institudo de Desarrollo Municipal (ISDEM), quien, para el lunes 26 y martes 27, hizo efectivo su cancelación en las 262 municipalidades de El Salvador. Cabe mencionar que este pago del FODES correspondió únicamente a los meses de octubre y noviembre del presente año.
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