Las relaciones diplomáticas entre el Gobierno salvadoreño y el venezolano llegaron a su mínima expresión durante la administración del ex presidente de la República Francisco Flores.

Al mandatario venezolano, Hugo Chávez, no le sentó nada bien —sobre todo después de que su país fue de los primeros en enviar ayuda a El Salvador después de los terremotos de 2001— que Flores hubiera sido de los pocos mandatarios que en 2002 le dio su voto de confianza al gobierno provisorio venezolano de Pedro Carmona, quien fracasó en destronar a Chávez.

Meses después, El Salvador dio asilo al contraalmirante venezolano Carlos Molina Tamayo, quien fue uno de los líderes del golpe de Estado que llevó a Carmona al poder durante dos días.

Sin embargo, Flores dejó a un lado sus roces con Chávez en noviembre, después de que dos remeros desaparecieran en Coatepeque. Flores tomó el teléfono y le contó directamente a su homólogo.

Sin embargo, en diciembre de 2004, negó la petición de asilo a los ex comisarios de la Policía Metropolitana (PM) Henry Vivas y Lázaro Forero.

Los policías de carrera y los únicos dos civiles en dirigir la PM tenían calidad de testigos en las investigaciones por una serie de muertes en la víspera del golpe contra Chávez.

La administración del presidente Antonio Saca también ha tenido sus desencuentros con Chávez.

Luego de que un informe de inteligencia de EUA señalara que estaban investigando al Gobierno venezolano por haber financiaba la adquisición de armas por parte del FMLN, Saca impuso a los venezolanos una visa para ingresar al país.

Las relaciones diplomáticas con Venezuela han estado limitadas; como prueba de ello, no hay un embajador en el país, sino únicamente un encargado de negocios. Incluso las visitas de Chávez al país han sido pocas.

El mandatario venezolano visitó El Salvador en 2001 después de los terremotos y una vez más en 2002, con la tragedia de los remeros venezolanos. Chávez no vino a la toma de posesión de Saca y tampoco asistió a la Cumbre Iberoamericana, que se efectuó en el país el año pasado.